Porównanie mechanicznej oraz naturalnej wentylacji nawiewno-wywiewnej jest zadaniem dość skomplikowanym. Dzieje się tak przede wszystkim dlatego, że o ile pierwsza z nich przez cały rok charakteryzuje się jednakowym działaniem, o tyle druga działa tylko przez część roku, a i wówczas można mieć wątpliwości, co do tego, czy jest to działanie prawidłowe. Okazuje się przy tym, że podczas dokonywania takiego porównania bardzo często mamy tendencję do stosowania niedomówień i uproszczeń nie mając nawet świadomości tego, jak poważny błąd popełniamy. Wypada zatem zacząć od tego, że w powszechnej opinii wentylacja naturalna jest postrzegana jako ta, która generuje niewielkie koszty, stąd też stawia się ją w opozycji do drogiej wentylacji mechanicznej. Okazuje się jednak, że i w przypadku wentylacji naturalnej kosztów się nie uniknie, konieczne jest bowiem wykonanie kilku kominów murowanych lub prefabrykowanych z przewodami wywiewnymi.
Niezbędne staje się również wyposażenie przynajmniej części okien w nawiewniki, gdy zaś nie można sobie na nie pozwolić – w funkcję rozszczelniania. Gdy więc wspomniane wydatki zestawimy z kosztami wykonania wentylacji mechanicznej z odzyskiem ciepła, okaże się, że różnica istnieje, nie przekracza jednak kwoty 6-8 tysięcy złotych. Owszem, nie jest to mało, nie jest to jednak kwota zawrotna zwłaszcza, jeśli weźmie się pod uwagę to, że stanie się ona przepustką do stałej wymiany powietrza. Okazuje się przy tym, że pieniądze wydane na wentylację mechaniczną wcale nie są stracone. Mogą zwrócić się nam już za kilka lat, dochodzi bowiem do istotnego zmniejszenia tych wydatków, które wiążą się z ogrzewaniem domu. Jest to możliwe dzięki rekuperacji, a więc właśnie wzmiankowanego już odzysku ciepła z powietrza usuwanego. Oszczędności w sezonie grzewczym są większe nawet niż wydatki na prąd i to nawet pomimo tego, że centrala wentylacyjna pracuje przez cały rok. Konieczne jest też podkreślenie, że w poważnym błędzie są osoby przekonujące nas o tym, że działanie wentylacji naturalnej nic nie kosztuje domowników.
Tu na szczególną uwagę zasługują warunki panujące zimą, w jej przewodach wywiewnych mamy bowiem do czynienia z bardzo intensywnym ciągiem. Zjawisko nie powinno zaś zresztą zaskakiwać, jest bowiem wywołane istotnymi różnicami temperatur zachodzącymi pomiędzy wnętrzem domu oraz jego otoczeniem. W rezultacie, wraz z powietrzem usuwanym przez kominy wentylacyjne, z domu uciekają również duże ilości ciepła. Kosztami działania wentylacji naturalnej są tez pieniądze, które wydaje się na energię niezbędną do tego, aby podgrzewać napływające do domu świeże powietrze. Oczywiście, możliwe jest podejmowanie prób mających na celu ograniczenie wspomnianych kosztów. Tu znakomicie sprawdza się nie tylko uszczelnianie okien, ale również zatykanie kratek wentylacyjnych. Niestety, to, co korzystne dla portfela, często okazuje się niekorzystne dla zdrowia domowników, a często prowadzi również do pogorszenia stanu technicznego budynku.